湖泊、水庫是陸地上水交換過程緩慢的水體.其水體污染有自身的持點。
(1)污染的來源廣，種類復雜。入湖河流攜帶的各種工業廢水、居民生活污水及湖區周圍農田灌溉水的污染物，湖面降水等面源污染物可進入湖泊。溯中水生動、植物的殘體也可污染湖泊，幾乎湖泊流域環境中的一切污染物質，都可以通討各種途徑進入湖泊。
(2)稀釋、搬運污染物質的能力弱。湖泊、水庫水面廣闊，水流遲緩，水交替緩慢，更新期比河流長，一般污染物進入湖泊、水庫后不能迅速混合而達到稀釋。泥沙及污染物易于積累而增多。
(3)湖泊的生物降解、積累和轉化污染物質的能力強。水生動、植物多且流動緩慢的期水，有利于湖泊水生動、植物對污染物質的吸收。水體受污染后，污染物質除了直接從水體進入生物體外，還可通過食物鏈中多級生物的吞食，不斷富集和轉移。
(4)湖泊、水庫污染的主要現象是富營養化。含大量氮、磷的污水進入后，導致水生生物(主要是藻類)的大量繁殖，藻類的過度生長和死亡及藻類的分解腐敗，可引起湖水變色(水華)、發臭、溶解氧下降、水質惡化。以及魚類和其他水生物大量死亡。而藻類及其他生物殘體的分解，又釋放出氮、磷等背養素，供新一代藻類利用。因此，即使切斷了氮、磷污染的來源，富營養化了的水體也難于自凈和恢復到正常狀態。
(5)底質污染。湖泊特殊的水流特點決定了底泥污染也是導致其水質污染的一個重要因素。各種外來污染物主要以懸浮形式存在于湖水中，由于流速的減少，比較終懸浮物沉積于水底，形成底質的組成部分。
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